司法会计鉴定是侦察活动的重要组成部分，因此，必须按诉讼的有关规定进行。司法会计鉴定的程序是否合法，将直接影响到鉴定结论的证明效力。根据实践中形成的惯例和刑事诉讼法的精神，司法会计鉴定一般要经过鉴定的指定、进行鉴定和作出鉴定结论三个必要的程序。

(一)鉴定的指定

鉴定的指定包括鉴定的指出、选用司法会计鉴定人、发出鉴定通知书和送交鉴定材料等内容。司法人员在决定鉴定并选择好司法鉴定人员后，和聘请的司法鉴定的会计师事务所签定鉴定通知书，并提供相关的资料。

(二)进行鉴定

司法会计鉴定人员接受鉴定任务后，应在指定地点进行鉴定，不得将鉴定资料带出指定地点。司法会计鉴定人员可以通过以下方式进行：

1. 分析、检查送检的会计资料;

2. 检查被告所在单位的会计资料。如果需要从中调取有关的凭证，应由侦察人员进行，而不能由司法会计鉴定人员直接调取;司法会计鉴定人员还可参加侦察活动中的勘验检查，并在勘验检查笔录中注明;

3. 询问被告人。在询问过程中，应有侦察人员在场，有侦察人员主持进行询问，司法会计鉴定人员不能单独询问被告人;

4. 要求进行笔记鉴定。对于提供的会计资料有涂改伪造的痕迹，司法会计鉴定人员为了明确责任，以利进行正确的判断，可要求司法人员对凭证等会计资料进行笔迹鉴定。

5. 要求司法人员提供新的资料。在鉴定时，发现鉴定通知书中所列问题仅靠提供的材料不能作出判断时，可要求侦察人员提供有关的其他资料。

(三)作出鉴定结论

司法会计鉴定人员在进行上述活动后，运用专业知识对案件中的会计问题进行推断评判，作出司法鉴定结论，出具司法鉴定报告。根据分析论证结果，结合委托鉴定的内容，作出财务事实性结论。结论只能回答事实问题，不能回答法律问题，结论一般包括：财产使用权转移的事实及金额，财产所有权转移的事实及金额，财产灭失的事实及金额，经营数额和获利数额等。

(四)司法会计鉴定报告的补充和修改

司法会计鉴定书经司法人员审查后，如认为鉴定书的内容不完整或有其他情况，应要求司法会计鉴定人员对其补充或修改。

1. 司法会计鉴定书措辞不确切，或对有关法律事实进行评论;

2. 司法会计鉴定书没有解决鉴定通知书中提出的所有问题;

3. 由于司法会计鉴定人员的疏忽，鉴定书中的数据计算有误或笔误;

4. 司法人员在侦察中发现被告人有新的犯罪线索，或取得新的证据。

5. 被告人要求补充鉴定。

在上述情况下，司法机关应指定进行补充鉴定或修改鉴定书。补充鉴定可由原司法会计鉴定人员进行，也可聘请另外的鉴定人员;修改鉴定书应由原鉴定人员进行，并在修改处签章证明。

(五)重新鉴定

在下列情况下，应重新鉴定：

1. 鉴定书中，几个鉴定人员的鉴定结论有矛盾，而司法人员不能判断那种结论正确时，可指定重新鉴定;

2. 司法会计鉴定人员作出鉴定书后，司法人员又取得司法会计鉴定新的资料，而这种资料与鉴定人员据以作出鉴定书的资料相矛盾;

3. 鉴定书与其他诉讼证据明显矛盾，而不能判明谁正确的;

4. 司法会计鉴定人员应当回避而没有回避的;

5. 鉴定书的内容严重地违反诉讼程序和规定，弄虚作假的;

6. 鉴定书的内容严重超出司法会计鉴定人员权限范围的;

7. 被告人或被告辩护人有正当理由提出要求的。

在上述情况下，应另外聘请司法会计鉴定人员，不得聘请原司法会计鉴定人员，并重新作出鉴定结论。